东莞市人民检察院原下设一个基层检察院（市区人民检察院），市区院共有12个内设机构和1个事业单位（机关服务中心）。

　　2008年10月8日，东莞市第十四届人大常委会第十二次会审议通过了东莞市人民检察院《关于提请设立东莞市第一、第二、第三市区人民检察院的报告》,决定增设东莞市第二市区人民检察院、东莞市第三市区人民检察院，并将原市区人民检察院更名为东莞市第一市区人民检察院。这三个市区人民检察院作为东莞市人民检察院的派出机构，均为副处级建制，行使县一级人民检察院的职权，对市人民检察院负责并报告工作。

　　第一市区人民检察院设置在南城街道，管辖17个镇区（街道）: 莞城街道、东城街道、南城街道、万江街道、道滘镇、洪梅镇、望牛墩镇、麻涌镇、中堂镇、高埗镇、石碣镇、石排镇、企石镇、石龙镇、茶山镇、寮步镇和松山湖科技产业园区，编制人员96名。

　　第二市区人民检察院设置在长安镇，管辖6个镇: 长安镇、虎门镇、厚街镇、沙田镇、大朗镇、大岭山镇，编制人员87名。

　　第三市区人民检察院设置在塘厦镇，管辖10个镇：塘厦镇、樟木头镇、黄江镇、谢岗镇、常平镇、桥头镇、横沥镇、东坑镇、清溪镇、凤岗镇，编制人员87名。